Если избрание Брюховецкого отображало конфликт между старшиной и народными массами, то свержение Многогрешного свидетельствовало о внутренних разногласиях между гетьманами и старшиной. Боясь сильной гетманской власти как таковой, старшина три месяца тянула с выборами преемника Многогрешного. Вместе с тем она обратилась к царю с предложением ограничить гетманские прерогативы. Москва лишь этого и ждала. В1672 г. гетьманом избрали Самойловича, ему поставили условия не судить и не наказывать представителей старшины, а также не вступать во внешние отношения, не проконсультировавшись со старшинским советом. И вдобавок нового гетьмана принудили распустить отряды компанейцев, которые, по традиции, подчинялись непосредственно ему. Навязывая эти условия, старшина распространяла своё и без того ощутимое влияние, но осуществлялось это путем подрыва власти гетманов, а затем и украинской автономии.
Сын священника, Самойлович до вступления в Войско Запорожское достиг значительных успехов, учась в Киевской академии. На протяжении почти всего своего правления на посту гетьмана он старался поддерживать добрые отношения со старшиной. Он щедро раздавал ей земли, а также создал корпус так называемых значкових, преимущественно состоявших из сыновей старшины, которые стали частью гетманского окружения и получали специальные доверенности, готовясь занять должности. Созданием этого корпуса Самойлович оказывал содействие формированию старшинских династий на Левобережье.
Во внешней политике Самойлович, как и все гетьманы, старался распространить свою власть на всю Украину. Он усилил контроль над мятежными запорожцами и в 1676 г. вместе с русским войском отважно повёл свои полки, чтобы выгнать с Правобережья турок и Дорошенко. Чуть ли не самый счастливый момент в карьере Самойловича настал, когда Дорошенко торжественно оставил перед ним гетманскую булаву, после чего он стал величать себя «гетманом обеих берегов Днепра». Тем не менее через два года турки вытеснили Самойловича с его русскими союзниками из Правобережья. Оставляя эти земли, Самойлович организовал массовый выход правобережного населения на Левый берег. Вследствие этого первичная родина казачества практически опустела .
Новым ударом по надеждам Самойловича объединить Украину стало подписание в 1686 г. так называемого «Вечного мира» между поляками и россиянами.По этому договору Киев и земли Войска Запорожского переходили под постоянный суверенитет царя. Всё же вопреки всем обращенным Москве протестам гетьмана против передачи полякам Правобережья и Восточной Галиции (Русского воеводства), что по правую принадлежали украинцам, эти земли оставались под управлением Польши. Неудовлетворенный московской политикой, Самойлович неохотно присоединился к грандиозному походу на Крым, который в 1686 г. организовали россияне. Хотя в нем принимало участие свыше 100 тыс. россиян и почти 50 тыс. казаков, недостаток подготовки и тяжелые естественные условия привели к провалу этой акции и большим потерям. Враждебно настроенные представители старшины предъявили обвинение Самойловичу в том, будто он незаконным путем обогатил себя и свою семью, а русские воеводы свалили на него вину за провал похода, вследствие чего в 1687 г. Самойловича сняли и сослали в Сибирь.