О том, что Зверинецкая гора — место особенное, говорили в народе давно. То видели на ней столпы огня до неба, то большой разлив воды — «не бегущую и стоящую стеной в полтора аршина на одном месте». А в воспоминаниях преподобного Феофила Киевского, Христа ради юродивого (почившего в 1853 г.), есть рассказ о том, что, проезжая из Китаевской пустыни в Лавру, его бычок остановился на Зверинецкой горе, как вкопанный. «Быть здесь великой святой обители», — изрек тогда преподобный Феофил.
Русским Афоном назвал эту южную окрестность г. Киева известный исследователь церковной истории киевский митрополит Евгений (Болховитинов). Серебристые тополя, яворы, развесистые дубы и душистые липы с дикими яблонями и грушами на полянах — такими увидел эти места насельник Выдубицкого монастыря иеромонах Иона, когда поселился Зверинецкой горе в 1860 году. Выделяясь своей опытностью и благочестивой жизнью, он быстро стал известен среди киевлян, и многие искали случая получить у него совет и наставление. Познавши на себе помощь от прозорливых советов и действенность молитв мудрого батюшки, они становились на всю жизнь его духовными чадами.
Решившись построить на горе свою келью, он принимает под свое духовное окормление двух монахов — Илариона и Гавриила. Иларион поставил куренек из хвороста, в котором и стал жить вместе с Гавриилом. А поздно вечером, после монастырских трудов и долгих молитв, присоединялся к ним и о. Иона, оставаясь на всю ночь.
1 (14) марта 1861 г., выйдя на крыльцо своей келии в монастыре, он увидел на горе сияние и пожар. В страхе о. Иона побежал спасать своих братьев. Но подойдя, заметил, что пламя, охватившее братский куренек, не причиняло им никакого вреда. Келья стояла невредимой, а рядом в столпе огня он увидел Божию Матерь с сонмом святых. Владычица коснулась головы его и возвестила, что пришла навестить это место, Сыном Ее издревле предызбранное. «Моя благодать пребудет здесь во веки. Неотступно буду посещать место это, и многие тут спасутся. Многие придут в обитель эту, ты их всех приими, никого не презирая — все чада Божии». После этих слов Владычица отступила и стала невидимой, а на снегу остались следы Ее пречистых стоп. Так сама Богородица избрала угодника своего преподобного Иону для прославления сего места и устроения на нем обители.
9 (22) марта 1862 года место над выдубицким урочищем вновь озарилось огнем. И снова в беспокойстве спешил от Выдубицкого монастыря старец спасать своих братьев от пожара. И вновь увидел стоящую в столпе неопалимого огня Владычицу с сонмом святых. Утверждая отца Иону к послушанию воле Божией по обустройству здесь монастыря, Матерь Божия сказала, что он — лишь «грабли, секира, избранное Господом орудие дивных и святых дел».
Иларион и Гавриил нашли старца утром сидящим в глубоком снегу. Рассказав им обо всем, он просил их ничего никому не говорить и описал эти события лишь в последние годы жизни. По устроении монастыря в 1910 году на этом месте была построена церковь, разрушенная в 1934 году, а в 1996 году новыми насельниками был установлен памятный крест.
Так Богородица положила основание новой киевской обители, ставшей одним из духовных центров на рубеже XIX-XX вв.
Первоначально отец Иона позаботился об устройстве скита при Выдубицком монастыре. Построен был двухэтажный деревянный дом и в нем церковь во имя Живоначальной Троицы. 4 мая 1864 года церковь была освящена настоятелем Киево-Выдубицкого Михайловского монастыря архимандритом Вениамином. Но об учреждении монастыря как будто не могло быть и речи: много было противников в разных слоях общества, в том числе и среди духовенства.
Но как чудным образом было предсказано будущее монастыря во имя Святой Троицы, так же чудесным образом Господь ее созидал. Одна духовная дочь старца княгиня Екатерина Васильчикова, жена генерал-губернатора Киева, оформила дарственную на свою дачу в пользу будущего монастыря и пожертвовала 10 тысяч рублей на его обустройство. Однако монастырь мог быть учрежден только Государем Императором. Заручившись поддержкой московского митрополита Филарета, Васильчикова едет в Петербург.
В столице прошению княгини об учреждении в Киеве нового монастыря воспротивились некоторые придворные и часть священства. Царь, устав от пререканий и противоречивых мнений, отложил решение этого вопроса до лучших времен и вышел погулять в Летний сад. Именно тогда на Александра II произошло покушение террориста Каракозова. Он выстрелил в Императора в упор, но пуля ушла в сторону. Потрясенный Александр II быстро вернулся во дворец и при всех сказал: «А что, господа, монастыря не надо? А я вижу — промысл Божий и молитвы нового монастыря спасли меня от смерти, а Россию — от страшного потрясения» — и подписал прошение об учреждении нового монастыря. Тем же указом отец Иона был определен настоятелем.
С постройки приюта для 30 сирот, школы и больницы началась жизнедеятельность нового монастыря. И только затем были поставлены кельи для братии. Спланировали и другие необходимые строения. Обозначили их границы деревянными крестами простой плотницкой работы. А на месте престола будущего каменного храма был поставлен большой крест. 3 апреля 1868 года его проект представили на утверждение Его Высокопреосвященству и киевскому коменданту. Следует сказать, что Зверинецкая гора находилась на территории Киевской крепости, созданной еще в 1812 г., и все вопросы постройки необходимо было согласовывать с военным ведомством, а некоторые даже требовали высочайшего разрешения Государя.
В 1871 году было завершено строительство каменного храма с двумя приделами. 28 ноября митрополит киевский Арсений, прежде других, освятил престол южного придела во имя иконы Божией Матери «Троеручица». Отец Иона особо чтил этот образ, который хранился у него в келии, а со временем был помещен в Троицком храме за правым клиросом. Еще при жизни преподобного по молитве перед этой иконой было совершено много чудес. В 1872 году 23 июля в Свято-Троицком храме был освящен главный престол во имя Живоначальной Троицы, а в 1897 году устроен новый северный придел во имя Всех святых. 13 октября 1900 года он был освящен митрополитом киевским Иоанникием.