Происходил из шляхетского рода; его дед впервые прибыл на Украину при Богдане Хмельницком и был убит в 1648 году в сражении при Желтых Водах.

Образование получил в Киево-Могилянской академии. Не ранее 28-ми летнего возраста поступил на службу писцом в войсковую канцелярию, присмотрел себе в Чернигове невесту из семьи Полуботков (Пелагея Никифоровна) и, женившись, остался в нём жить; писарем пробыл не менее 10 лет. Около 1700 г. овдовел, вскоре женился во второй раз на Настасье Марковне (урожденной Маркович, еврейке. чрезвычайно прогрессивной женщине, которая так же уже успела побывать замужем; Настасья Марковна принимала активное участие в жизни мужа, сама лично принимала послов и участвовала в политических событиях); был в то время уже при гетьмане Мазепе генеральным бунчужным, а потом вскоре стал генеральным есаулом. Мазепа нередко посылал его к Петру Великому с разными поручениями, и он очень понравился царю своею «простотою». В 1706 году назначен стародубским полковником (Стародуб - ныне Брянская обл.), получил в управление один из обширнейших и богатейших округов.

На этом уряде Скоропадский оставался до конца октября 1708 года, когда получено им было от гетьмана Мазепы письмо, написанное 30 октября из Дегтяровки, в котором тот приглашает его

"покинуть враждебную власть Москвы, от многих лет во всезлобном своём намерении положившую истребить последние казацкие права и вольности.

Возможно, Мазепа надеялся на поддержку Скоропадского, как своего ставленника, полюбившегося ему за скромность и услужливость, награждаемого и выдвигаемого им по службе. Но Скоропадский не имел ни малейшего желания менять своё положение, которым он был очень доволен.

Взятие Батурина 2-го ноября несколько сгладило тяжелое впечатление гетьманской измены, тотчас же решено было приступить к выборам нового гетьмана. 4 числа сам царь Петр отправился в Глухов, чтобы присутствовать на выборах. Более прав на булаву имел АпостолАпостол, Даниил Павлович" class="mw-redirect">, миргородский полковник, но он только что вернулся от Мазепы и был «в подозрении», затем — черниговский полковник Полуботок, но последний казался опасным царю, как смелый и энергичный человек. Третьим кандидатом был Скоропадский. Пётр и остановил на нём своё внимание, зная его как человека слабохарактерного, ни в каком случае не опасного.

6 ноября шестидесяти с лишком лет от роду он принял в свои руки гетьманскую булаву. В своём первом гетьманском универсале приглашает

"Всю Украйну быть верной Москве, не льститься дружбой шведов, которые, кроме того, что совсем чужды Украйне, даже и не соседи с ней".

Вскоре после Полтавской битвы, 17 июля, подал царю статьи о Малороссии, где просил

"об утверждении прав, вольностей и порядков, доселе бывших в малороссийском войске, о том, чтобы великороссийские воеводы не вмешивались в городские и полковые дела, а присматривали бы только «за замками», расправы без малороссийской старшины сами не чинили, чтобы выведены были гарнизоны, помещенные в некоторых малороссийских городах".

В частности о себе, как гетьмане, просил, чтобы гетману слушаться одного только государя, указы получать только от его имени.

Окончательные ответы на эти статьи даны были Петром в январе1710 года. В Киев назначался от правительства наместник—воевода князь Д.М.Голицын, в Глухове, подле гетьмана, учреждалась должность «государева министра», особого чиновника, который должен был отвечать перед правительством за благонадёжность гетьмана и участвовать вместе с ним в управлении. Первым таким «государевым министром» был назначен суздальский наместник А.П.Измайлов. Ему даны были в распоряжение великорусские полки, которые раньше находились при Мазепе. Измайлов жил мирно с гетьманом, но в сентябре того же 1710 года он должен был оставить свой пост, потому что сделал один нетактичный поступок — подписал вместе с гетьманом увещательную грамоту к запорожцам, среди которых начались волнения и беспорядки, сношения с изменниками. Гетьман, узнав, что Измайлова хотят сменить, просил тогдашнего канцлера Головкина, чтобы оставили Измайлова при нём по-прежнему, уверяя, что живёт с ним согласно, доволен его благоразумными советами. Но Измаийлов был отозван, а на его место назначены двое: думный дьяк Виниус и стольник Федор Протасьев.

Присутствие при гетьмане великорусских чиновников — одного, потом двоих, вызвали опасения за существующий порядок. Среди малороссийского войска пошли толки, что

"Министры, приставленные к гетману, не дают ему сделать шага свободного, всякое письмо гетьмана осматривают, что гетьман не станет долее терпеть такой опеки над собой и весной, в союзе с запорожцами и татарами, пойдёт на Москву".

Эти слухи стали известны киевскому воеводе Голицину, который ещё в феврале 1710 года писал о них канцлеру Головкину: «Когда народ узнает, что гетьман такой власти не будет иметь, как Мазепа, то, надеюсь, будет приходить с доносами». Голицын писал, что он «всякими способами внушает злобу на тех, кои хотя мало к нам склонны», и особенно не советует содействовать исполнению гетьманской просьбы о том, чтобы дана была ему Умань: ему Умани давать не следует, пусть живёт со всеми своими делами у нас в середине, а не в порубежных местах". Ставилось, таким образом, препятствие к исполнению личной просьбы гетмана, несмотря на то, что сами «царские советники» сумели выпросить себе у Скоропадского маетности в изобилии (Меншиков, Головкин, Шафиров). Скоропадский предоставил после Полтавской битвы А.Д.Меньшикову громадные имения в Стародубском полку и позволил ему произвести неправильное размежевание, записал в его подданство Почепскую сотню казаков, однако потом принужден был жаловаться на него, что тот самовольно присвоил себе еще лишние участки земли и людей.

Канцлер старался успокоить гетмана на счёт нерасположения киевского воеводы и писал:

"Я писал к кн. Г., чтоб он ни из каких городов и мест регименту вашего никого не велел брать, не списавшись с вами и без согласия вашей вельможности, и ежели случится какое дело государственное, то делал бы согласно с вами; указом ему к вашей вельможности писать не велено. Как мы видим, что у вашей вельиожности с воеводою киевским несогласно; однакож царское величество на вашу верность есть блогонадёжен и безосновательным никаким доносам поверено не будет, в чём изволите, вельможность ваша, быть надёжен".

Правительство, действительно, избегало случаев оскорблять гетьмана, даже сослало в Архангельск знатного казака Забелу, старавшегося выставить в подозрительном свете поведение Скоропадского, но доносы продолжались. В мае 1713 года гетьман писал Головкину, что объят размышлением: от начала гетьманства своего имеет несносные скорби от злобных и безбожных клеветников. Канцлер по-прежнему уверял его, что царское величество о верности его довольно известен.

Вследствие донесения Протасьева в начале 1715 года геьтман получил царскую грамоту, в которой для пресечения произвола и злоупотреблений полковников своей властью предписывалось сократить их права, между прочим, в деле выбора ими старшин и сотников. Этот царский приказ оказал действие искры, брошенной в горючий материал; недовольство полковников своим гетьманом усилилось и полковники между собой назначили нового гетьмана Полуботка:

"Нынешний гетьман человек смирный, за Украйну стоять не умеет; кто ни нападёт, все дерут... Не Мазепа — проклятый Иуда, а нынешний гетьман проклятый, не стоит за Украйну, а москали её разоряют".

На полковников жаловались, что они разоряют простой народ, а они жаловались, что разоряют народ москали своими войсковыми поборами, а виноват во всём гетьман, который по своей слабости все позволяет. Полковники отказывают гетьману в повиновении: «они на него… обращают немного внимания» — писал Протасьев канцлеру в 1716 году.

В 1717 году Скоропадский выдал свою дочь за сына царского сановника П.А.Толстого (основателя рода графов Толстых). Сватовство с знатным лицом внушило Скоропадскому мысль поднять свой престиж, прибегнуть к помощи своего нового родственника. Гетьман прежде всего пожаловался свату на Протасьева: что он будто бы постарался другим отдать землю, которую гетьман хотел взять себе. Протасьев в униженных письмах оправдывался пред сильным человеком и просил, чтобы его отозвали из Малороссии.

В 1722 году гетьман вместе с гетьманшей, окруженный свитой, едет в Москву поздравлять царя с Ништадским миром(мирный договор между Россией и Швецией, завершивший Северную войну). Гетьмана встретили в Москве хорошо, гостил он там около полугода. В последний раз он напоминает царю о «статьях», но в ответ получает 29 апреля указ об учреждении малороссийской коллегии, состоящей под председательством бригадира Вельяминова из шести штаб-офицеров украинских гарнизонов. Таким образом вместо одного чиновника при гетьмане явилась целая коллегия. В ответ на жалобу Скоропадского, что этим уничтожаются пункты Хмельницкого, Пётр собственноручно написал:

"Вместо того, как постановлено Хмельницким, чтоб верхней апелляции быть у воевод великороссийских, оная коллегия учреждена, и тако ничего нарушения постановленным пунктам... не мнить".

С учреждением Малороссийской коллегии он был почти совершенно лишён власти. С таким подарком Скоропадский отправился в конце июня домой и только успел доехать до Глухова. 3 июля его не стало. Погребён он был в Глухове.